חיבור CT לממסר הגנה שונה מיישומי מדידה בכמה דרכים חשובות. ממסרי הגנה דורשים CTs עם דרגות דיוק ספציפיות המיועדות לפעול באופן ליניארי במהלך תנאי תקלה, כאשר הזרמים הראשוניים עשויים להיות פי כמה מהערך הנקוב. יש לחבר את המשני CT למסופי הכניסה הנוכחיים של הממסר עם קוטביות נכונה כדי להבטיח פעולת הגנה כיוונית ודיפרנציאלית נכונה.
יש לחבר את החיבורים המשניים S1 ו-S2 למסופי הממסר המסומנים k ו-l בהתאמה בתרשים המעגלים-. עבור ערכות הגנה דיפרנציאליות, יישור קוטביות הוא קריטי. יש להתייחס לזרמים הנכנסים לשני צידי הציוד המוגן ביחס לכיוונם. כאשר מתרחשת תקלה בפעולה בפועל, הממסר חייב להיות מסוגל להבחין בין תקלות פנימיות לבין תקלות דרך, והאבחנה זו תלויה לחלוטין בקוטביות CT נכונה ובחיבור-.
בהגנה על דיפרנציאל שנאי, החיבור של CTs חייב לקחת בחשבון את הסטת הפאזה המוכנסת על ידי תצורת הפיתול של שנאי הכוח. אם פיתול השנאי הראשי מחובר לדלתא-, ה-CTs הראשי מחוברים בדרך כלל בכוכב; אם פיתול השנאי המשני מחובר לכוכב-, ה-CTs המשניים מחוברים בדלתא. זה מפצה על שינוי הפאזה של 30 מעלות ומבטיח שהזרמים הנכנסים לממסר נמצאים בשלב בתנאים רגילים-. עבור מצבים מורכבים יותר, ניתן להשתמש בשנאי זרם משולבים חיצוניים (ICT) כדי להשיג את היחס הנדרש ואת תיקון הפאזה.
תוכניות הגנה מפני תקלות קרקע מסתמכות גם על חיבורי CT ספציפיים. ממסר ישיר יכול לספק הגנת פאזות-מקורקת באמצעות CT עם יחס כמו 50/5 או 10/1. ממסר שטף איזון מזהה זרם-פאזה מוארק באמצעות דונאט-סוג CT המותקן סביב שלושת המוליכים, כאשר סכום הזרמים בדרך כלל צריך להיות אפס. ממסר יציאה שיורית משתמש בזרם השיורי הנגזר משלושת השלבים CTs-.
ללא קשר לתכנית ההגנה, חלים אותם כללי בטיחות בסיסיים: אסור להשאיר את המשני CT פתוח בזמן שזרם ראשוני זורם, והמעגל המשני חייב להיות מוארק בנקודה אחת. לפני החיווט, יש לשחרר את-המשני CT על ידי קיצור באמצעות בלוק קיצור. כל הפיתולים המשניים של שנאי הזרם החיצוניים חייבים להיות מוארקים לאפיק ההארקה, ובשום פנים ואופן אין להשאיר את פיתולי ה-CT המשניים פתוחים-כאשר זורם הזרם הראשי. לאחר ההתקנה, ודא את הקוטביות על ידי התבוננות בזרמים הנמדדים של הממסר תחת עומס או על ידי שימוש במד זווית- פאזה במהלך ההפעלה.